Le Contournement Ferroviaire de l'Agglomération Lyonnaise s'inscrit dans une politique des transports à l'échelle nationale et européenne, visant à rééquilibrer les différents modes de transport et à offrir des alternatives au mode routier, prédominant.

Suite au débat public sur les grandes infrastructures (2001-2002), le Contournement de l'Agglomération Lyonnaise est pointé comme une priorité pour l'amélioration de l'offre ferroviaire au niveau national. Il doit également permettre, à l'échelle de l'aire métropolitaine lyonnaise, de développer les services voyageurs, de contribuer à la desserte du pôle multimodal de Saint-Exupéry et au développement économique du territoire.

Le 16 mai 2003 les ministres se sont prononcés sur un cahier des charges intégrant les enjeux de l'aire métropolitaine lyonnaise. Le périmètre d'études a été arrêté pour la partie la plus urgente du projet qui est le tronçon nord. Sur cette base, l'Etat a confié à Réseau Ferré de France la conduite des études qui permettront de choisir les caractéristiques et le tracé de la nouvelle infrastructure. La concertation sur le projet devrait se poursuivre jusqu'en 2008, date envisagée pour l'enquête publique. La mise en service de l'infrastructure étant projetée pour 2015...

Le Syndicat s'est prononcé en Juillet 2005 sur les fuseaux envisagés pour le tronçon Nord. Il a pu affirmer son intérêt pour ce projet, tout en se montrant défavorable à un tronçonnement de ce dernier, qui aboutirait à la réalisation de la partie nord, laissant le trafic s'écouler au sud sur des voies non prévues à cet effet. En ce sens, le Syndicat a requis une décision de l'Etat pour que soient conduites le plus rapidement possible les études sur la partie Sud, afin d'avoir une vision d'ensemble du projet avec des engagements de calendrier et de financement. Par ailleurs, le SMRR a souhaité être associé aux réflexions et informé de l'avancement de toutes les étapes et parties.
Pour ce qui est de la partie Sud du tracé, qui concerne directement le territoire du SCOT, le Syndicat Mixte s'est positionné en faveur d'un tracé dans le sillon de la Ligne à Grande Vitesse, qui présenterait notamment l'avantage d'être à l'écart des zones les plus urbanisées de la vallée.

En décembre 2005 et à la suite de cette phase de consultation, le Ministre a retenu le fuseau A pour la section Nord, tout en fixant les bases pour les études préliminaires de la section Sud. Une nouvelle consultation devrait être organisée sur le fuseau Sud à la suite des études fonctionnelles et de définition du fuseau.